消化道早癌及癌前疾病临床诊治体系（消化内科方向）
消化内科分中心以食管、胃肠及肝胆胰腺疾病的内镜介入(微创)诊断与治疗为特色，国内领先、国际知名。在消化系疑难病及肿瘤的发病机制、早期诊断和治疗方面不断创新、突破，多次承担国家“十一•五”支撑计划、“863”计划、国家自然科学基金、卫生部公益性项目、国家科技部之国际合作项目、“九•五”攻关项目、北京市科委重点科研项目。每年与中国医师协会消化医师协会共同主办“北京国际消化疾病论坛”、承办卫生部委托的 “全国消化医师进修班”，同时不定期举办不同层次的胃镜、结肠镜、EUS、ERCP沙龙及“手把手”培训班，“‘友谊’消化直通车万里行”被批准为“卫生部第二轮十年百项计划”，学员们在经过“手把手”的培训后，临床技能有了长足的进步，为带动发展边远、基层的医疗卫生机构做出了一定的贡献。定期举办“一带一路高级消化内镜国际大讲堂”， 推动了“一带一路”沿线国家消化内镜整体水平的提升，建立了互助纽带和长期的学术交流中心，提高了我国在消化领域的国际影响力，所在内镜中心被世界内镜组织WEO评为“全球最佳内镜中心”之一。近5年，承担国家科技部重大专项等国家级科研项目19项，“十四五重点”健康专题1项，发表SCI论文135余篇。牵头、参与制定临床指南及专家共识13部。
慢性及疑难危重肝病序贯诊治（肝病方向）
肝病内科分中心是国家重点临床专科(消化内科)、国家重点（培育）学科、北京市医学重点学科、首都医学重点学科、首都医科大学少见疑难肝病诊疗中心，拥有国家中医药管理局认证三级实验室“细胞生物学实验室”、 肝硬化转化医学北京市重点实验室、北京市高等院校“肝脏保护与再生调节”重点实验室。科室临床特色为常见肝病的规范化诊疗及少见疑难肝病的诊断和治疗，主要科研方向为慢性肝病肝纤维化的发生机制、无创诊断和新的治疗方法。科室现有教授/副教授或相应职称人员12名，其中获得国务院政府特贴2人，北京学者2人、国家百千万人才工程人才1人。近十年来共主持国家级、省部级等各类科研项目54项；其中，主持“十二五”重大专项1项、“十三五” 重大专项2项。牵头及参与制定乙肝、丙肝等卫生行业标准3项，肝病相关指南、共识等30余项。
消化系统疾病微创外科技术创新与转化（消化外科方向）
是国家消化系统疾病临床医学研究中心分中心之一，专业方向归属于首都医科大学附属北京友谊医院普通外科中心，是“国家临床重点建设专科（普通外科）”、“北京市临床重点专科”、“北京市医院管理中心扬帆计划-重点医学专业”、“首都医科大学结直肠肿瘤临床诊疗与研究中心”、“中国医师协会腹腔镜外科医师培训基地”、“首都医科大学普通外科学系主任单位”、“北京市减重与代谢外科质量控制和改进中心主任单位”、“北京友谊医院A类重点科室”。消化外科分中心，以胃肠外科（消化系肿瘤综合治疗）、肝胆胰外科、减重与代谢外科三个亚专科为主要方向，在全腹腔镜下消化道手术技术、内镜-腹腔镜联合诊治技术、单孔腹腔镜手术技术、胃肠道肿瘤综合治疗、微创手术治疗肥胖相关疾病等方面均处于国内领先水平。中心长期致力于消化系统疾病微创外科手术治疗及机制研究、微创手术技术创新及综合应用，在引领微创外科技术创新、牵头创建全国数据平台、主持国内外多中心临床研究、牵头制定我国专家共识指南等方面取得了专业领域丰硕成果。近5年，承担国家科技部重大专项等国家级科研项目20项，省部级科研项目25项，发表SCI论文200余篇。牵头、参与制定临床指南及专家共识36部。
慢性及疑难危重肝病序贯诊治（肝移植方向）
肝移植分中心成人及儿童长期生存国内领先，肝移植治疗遗传代性疾病种类全国最多，儿童肝移植和活体肝移植在国内外具有良好的声誉，国际上首创交叉辅助多米诺肝移植新术式，国内率先开展辅助性肝移植诊疗，在微创供肝获取和微创肝移植方面有多项创新，国内唯一开展腔镜辅助直切口肝移植的单位，是世界上开展该技术的三家单位之一。率先规模开展急危重症肝病肝移植，开展肝移植后PTLD的规范化治疗。肝移植团队是北京市战略科技人才团队，包括国际肝移植学会的专业委员会主席1人，委员2人。团队帮助巴基斯坦多家医院和国内20余家三甲医院开展肝移植，接收全国16家三甲医院的人员进修。儿童肝移植成果获得北京市科学技术进步二等奖、中国出生缺陷干预救助基金会科技成果三等奖等多个奖项。2019-2023年发表SCI文章近100篇，据第三方机构统计，2015-2020年团队发表肝移植领域SCI论文数量居全世界医疗机构第4名。2021年肝移植SCI研究论文居全世界医疗机构第3名，全国第1名。
消化系统精准与智慧影像创新与转化（影像方向）
医学影像分中心以消化系统疾病精准与智慧影像诊疗为特色，国内领先、国际知名。中心围绕影像数据采集、影像数据处理和影像数据利用与价值评价三大方面开展消化影像创新工作，设有放射、超声、核医学和介入四个研究方向。中心现有中国工程院院士1人，北京学者1人，国家杰青1人，为中国医师协会放射医师分会第四届委员会会长单位、北京市影像质量控制与改进中心、首都医科大学医学影像学院依托单位。近5年来，中心获批国家重点研发计划、国家自然科学基金、国家发改委-国家人工智能医疗健康应用基地项目等国家级课题40余项，发表SCI论文200余篇，授权专利/软著40余项，转化1300万。团队核心成员以第一完成人获国家科技进步奖2项（2020、2011）、何梁何利科技与进步奖（2022）、教育部科技进步一等奖两项（2018、2011）、北京市科技进步二等奖一项（2023）。本中心连续举办磁共振信号分析与图像解读培训班、磁共振医师/技师进修班等品牌继教项目，累计培训学员8000余名。
