2011年5月，北京市中西医结合研究所成立，确立了中西医结合感染性疾病防治研究、中西医结合器官纤维化防治研究、中西医结合器官移植及肿瘤免疫研究为核心的研究方向。

中西医结合是医院的四大特色之一。在中西医结合逆转肝纤维化及肝硬化、急性感染并发多脏器衰竭、儿科呼吸系统和肾脏疾病及不明原因发热等方面取得很大成绩。中西医结合基础是国家中医药管理局重点学科，拥有2个国家中医药管理局三级实验室(最高级)，有多名专家在中国中西医结合学会任职，医院现为首都医科大学中西医结合学系挂靠单位。

一、感染内科疾病诊治

20余年来，始终坚持中西医结合诊治感染并发多脏器功能衰竭、不明原因发热等。开展了从临床诊治到机理探讨的系列研究，针对临床治疗研制了系列中药方剂，病死率明显降低，疗效达国内外先进水平。提出的中医分型及评分标准得到同行认可，广泛用于指导临床工作。

二、危重症诊治

重症医学科是集医疗、护理、教学、科研为一体的综合性临床科室，近年来，以中、西医结合为特色，在危重病临床及研究方面取得了很大进展。曾在抢救吉林省延边车祸中受伤的台湾同胞曾明美中创造了奇迹。2010年，北京市重症医学质量控制和改进中心设立在我院。

三、儿科感染性疾病诊治

儿科在长期的临床实践中形成了独特的中西医结合医疗服务特色，在儿科感染性疾病病原学研究方面处于全国领先水平，尤其中西医结合治疗小儿肺炎等呼吸系统疾病、新生儿疾病、肾脏疾病、过敏性紫癜、传染性单核细胞增多症、肥胖病等方面处于国内儿科领先地位。儿科自主研发出近二十种中药浓缩制剂用于临床，取得了显著的疗效，获得过多项国家级、市级科研成果奖。2001年被北京市中医局批准成为“北京市中医局重点扶植学科”。