内科系统

• 消化中心
• 呼吸内科
• 心血管中心
• 神经内科
• 肾病内科
• 内分泌科
• 血液内科
• 感染内科
• 重症医学科
• 风湿内科
• 肝病中心
• 重症肝病科
• 急诊医学科
• 热带医学研究所
• 中医科
• 儿科
• 皮肤性病科
• 肿瘤科
• 康复医学科
• 全科医学科
• 医疗保健中心

外科系统

• 普外中心
• 泌尿中心
• 骨科中心
• 胸外科
• 神经外科
• 麻醉手术中心
• 口腔科
• 眼科
• 耳鼻咽喉头颈外科中心
• 妇产生殖中心
• 血管外科
• 心外科

医技科室

• 放射科
• 放射介入科
• 放疗科
• 超声医学科
• 核医学科
• 病理科
• 营养科
• 药剂科
• 临床检验中心
• 输血科

国际医学部

• 国际医疗中心
• 健康体检中心
• 医学美容中心

研究平台

• 临床技能培训考核中心
• 北京热带医学研究所
• 北京市临床医学研究所
• 北京市卫生局泌尿外科研究所
• 中西医结合研究所
• 北京市重点实验室
• 实验中心
• 药理基地
• 医学伦理委员会
• 循证医学中心